Typedef Blosum62BLOSUM62 scoring matrix.
BLOSUM62 scoring matrix.
| Defined in | <seqan/score.h> |
|---|---|
| Signature |
typedef Score<int, ScoreMatrix<AminoAcid, ScoreSpecBlosum62> > Blosum62;
|
Overview
A 4
B -2 4
C 0 -3 9
D -2 4 -3 6
E -1 1 -4 2 5
F -2 -3 -2 -3 -3 6
G 0 -1 -3 -1 -2 -3 6
H -2 0 -3 -1 0 -1 -2 8
I -1 -3 -1 -3 -3 0 -4 -3 4
J -1 -4 -1 -4 -3 0 -4 -3 3 3
K -1 0 -3 -1 1 -3 -2 -1 -3 -3 5
L -1 -4 -1 -4 -3 0 -4 -3 2 3 -2 4
M -1 -3 -1 -3 -2 0 -3 -2 1 2 -1 2 5
N -2 3 -3 1 0 -3 0 1 -3 -3 0 -3 -2 6
X 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
P -1 -2 -3 -1 -1 -4 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -2 -2 -2 7
Q -1 0 -3 0 2 -3 -2 0 -3 -3 1 -2 0 0 -1 -1 5
R -1 -1 -3 -2 0 -3 -2 0 -3 -3 2 -2 -1 0 -1 -2 1 5
S 1 0 -1 0 0 -2 0 -1 -2 -2 0 -2 -1 1 0 -1 0 -1 4
T 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -1 0 0 -1 -1 -1 1 5
U 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 0 0 -1
V 0 -3 -1 -3 -2 -1 -3 -3 3 2 -2 1 1 -3 -1 -2 -2 -3 -2 0 -1 4
W -3 -4 -2 -4 -3 1 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -1 -4 -2 -4 -2 -3 -3 -2 -2 -3 11
Y -2 -3 -2 -3 -2 3 -3 2 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -3 -1 -2 -2 -2 -1 -1 2 7
Z -1 1 -3 1 4 -3 -2 0 -3 -3 1 -3 -1 0 -1 -1 3 0 0 -1 -1 -2 -3 -2 4
X 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 0 0 -1 -1 -2 -1 -1 -1
* -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1
A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W Y Z X *